Susanne Bier sinh tại Copenhagen, Đan Mạch trong một gia đình người Do Thái. Gia đình người cha chạy sang Đan Mạch năm 1933 khi Hitler lên nắm quyền ở Đức, lúc đó người cha của bà mới lên 2 tuổi. Gia đình người mẹ tới Đan Mạch trước đó 30 năm do việc truy hại người Do Thái ở Nga. Năm 1943 cả gia đình người cha và mẹ của bà phải chạy sang Thụy Điển khi Đức quốc xã xâm lăng Đan Mạch, năm 1945 khi Đan Mạch được giải phóng thì họ trở về Đan Mạch.

Bier tốt nghiệp trung học ở Trường "Niels Steensens Gymnasium". Để hiểu rõ hơn nguồn gốc Do Thái của mình, đầu tiên Bier đã chọn di chuyển sang Israel và học nghệ thuật ở Hebrew University of Jerusalem tại Jerusalem, sau đó sang học kiến trúc ở Architectural Association School of Architecture tại London, Anh. Tuy nhiên, cuối cùng Bier đã chọn sự nghiệp điện ảnh và vào học Trường Điện ảnh quốc gia Đan Mạch tại Copenhagen, và tốt nghiệp năm 1987.